В своей
первой части, я описал свои первые и по большей части, не проверенные мысли.
Сейчас можно более конкретней, рассказать про данную проблему.
Я написал в первой части
Возможность обезопасить себя от этого
1. Установка на сервере главной папки /***********/папка,где сайт(ы)/index.*
2. Через файл .htaccess настроить запуск НЕ index.*, как главный файл, а другой, например mainpage или еще что-то.
3. В самый конец файла index.* добавить строчку

Ну так вот.1. Я немного ошибся на счет двойной вложенности.
Как показала практика, двойная вложенность не спасла, спасла только третья вложенность.
Пример
/папка1/папка2/папка3/index.*2. Этот пункт оправдал мои надежды, этот способ работает.
3. Это бессмысленный способ предотвращения проблемы, так как данный тег должен быть закрыт, а если он не закрыт, то он просто
не работает.
Наблюдения:Проверив комп в очередной раз, и ничего не обнаружив, я решил провести эксперимент.
- вычистил все сайты от вируса
- удалил весь ftp лист
- отключил комп от интернета на день
В результате, при проверке сайтов, большинство из них были заражены.
Вывод сам напросился:
Данные о Ваших ftp лежат на отдельном сервере, через который идет "спам"
Избавление от вируса:- Перестановка системы (не обязательно, но наверняка)
- Изменение ftp доступов.
будьте внимательны